A manutenção da qualidade e integridade do biodiesel é fator a ser considerado não somente na molécula, mas no produto como um todo, pois no sistema de tancagem, transporte, etc, deverá manter-se estável e com qualidade assegurada em limites pré-estabelecidos. O biodiesel de forma geral absorve água, que pode provocar a sua degradação, inclusive por ação de microorganismos, pois também é biodegradável, sendo necessários estudos complementares para sanar este inconveniente.
A estabilidade, a oxidação e a cetanagem são parâmetros do biodiesel que merecem especial atenção, tendo em vista sua importância e a virtual ausência de disponibilidade laboratorial para sua avaliação no país. A estabilidade, sobretudo em climas quentes, é relevante para assegurar que mesmo depois de algumas semanas armazenado em condições normais, o biodiesel mantenha sua adequada especificação.
Já a cetanagem, medida que assegura a boa combustão em motores de ignição por compressão, é medida em poucos laboratórios, entre os quais algumas refinarias da Petrobras, Cenpes e IPT/SP, onde se adota, na falta de medições diretas, uma correlação com a densidade, expressão naturalmente válida apenas para o diesel mineral.