O processo de fabricação de biodiesel gera diversos sub produtos que podem agregar valor a produção de biodiesel.
A transesterificação permite a reutilização de álcool, matéria-prima do processo. Essa recuperação também permite a redução do custo total do processo. O grau de recuperação é uma porcentagem que representa o reaproveitamento do álcool, residual de processos anteriores, nas produções subseqüentes. Dependendo da tecnologia utilizada, essa reutilização pode chegar a 100%.
Para aumentar sua competitividade, os custos de produção do biodiesel podem ser minimizados através da venda dos co-produtos gerados durante o processo de transesterificação, tais como a glicerina, adubo e ração protéica vegetal. No caso da glicerina, a receita gerada pode reduzir o custo final do biodiesel em 5 a 10 centavos de dólar por litro. Porém, o excesso de oferta gerado pela produção em grande escala do biodiesel pode causar queda em sua cotação internacional, atualmente em torno de US$ 500 a US$ 1000 por tonelada. A utilização de metanol ou álcool etílico como matéria-prima também representa alterações no custo final do biodiesel.
Estudos feitos por Bender (1999) indicam que o custo de produtos químicos (metanol e catalisador) é de cerca de US$0,02 por litro de biodiesel produzido, caso seja utilizado um grau de recuperação de 100%. Se o grau de recuperação do álcool for de apenas 60%, esse custo seria elevado para US$0,03/litro. Caso fosse utilizado álcool etílico ao invés de metanol, o custo seria acrescido de US$0,01 por litro.
A geração do subproduto glicerina no processo de transesterificação influenciará o mercado, por isto impõe-se desenvolvimento tecnológico de novos produtos para equacionar qualquer impacto.