Quanto à logística de suprimento de biodiesel dois pontos fundamentais devem ser observados, a localização relativa das áreas de produção e os centros de consumo, e os locais onde se dará a mistura com o diesel de petróleo.
A definição de qual agente será o responsável pela realização da mistura do biodiesel ao diesel, é determinante para obtenção da qualidade requerida do combustível. Parece ser pacífico o entendimento que quanto mais reduzido o número de agentes autorizados a realizar a mistura, menores serão as possibilidades de falhas nos procedimentos operacionais, em contra partida, maiores serão os custos de transportes das unidades fabris para os centro de mistura.
A coleta do biodiesel nas unidades de produção para o transporte aos centros de mistura representa uma demanda adicional para o transporte de cargas inflamáveis, sendo necessário à realização de estudos específicos para avaliação da frota de caminhões-tanque disponíveis no mercado, e eventuais necessidades de financiamentos para ampliação e renovação da mesma.
A princípio, é recomendável que a mistura do biodiesel ao diesel seja realizada pelas distribuidoras de combustíveis, como no caso da adição de álcool anidro à gasolina. Será necessário avaliar a necessidade de ampliação do parque de tancagem das empresas, bem como a adequação das instalações para esta nova atividade.
Vale destacar que o mercado de combustíveis já dispõe de grande infraestrutura de logística para o suprimento das necessidades do País, capaz de atender a implementação de um programa de uso do biodiesel. As bases de distribuição de combustíveis estão distribuídas em todos os Estados da federação, de acordo com a lógica econômica e comercial dos agentes privados e da Distribuidora, que atuam neste mercado altamente competitivo.