Entretanto, para cada componente do complexo de Agroenergia, diferentes desafios são impostos a esta Agenda, atuando como indutores de prioridades de pesquisa, como seguem:

Aproveitamento de resíduos e dejetos

a.Desenvolver tecnologias para o aproveitamento energético de resíduos da produção agrícola, pecuária e florestal e da agroindústria;

b. Desenvolver tecnologias para a utilização de compostos orgânicos resultantes da produção agropecuária, com risco sanitário, na produção de agroenergia;

c. Desenvolver tecnologias para a utilização dos resíduos pós obtenção de energia para outras finalidades, como correção de acidez ou fertilidade do solo;

d. Promover a integração dos conceitos de agroenergia e mercado de carbono;

e. Interfacear com as redes de pesquisa para aproveitamento de esgotos urbanos para fins energéticos.