A manutenção da qualidade e integridade do biodiesel é fator a ser considerado não somente na molécula, mas no produto como um todo, pois no sistema de tancagem, transporte, etc, deverá manter-se estável e com qualidade assegurada em limites pré-estabelecidos. O biodiesel de forma geral absorve água, que pode provocar a sua degradação, inclusive por ação de microorganismos, pois também é biodegradável, sendo necessários estudos complementares para sanar este inconveniente.