Uma das maiores processadoras de soja de capital nacional – de suas esmagadoras saem 2,5% do óleo de soja produzido no Brasil –, a Caramuru Alimentos conta com duas usinas de biodiesel. Localizadas em São Simão e em Ipameri, ambas em Goiás, essas plantas são 10ª e 11ª maiores unidades de biodiesel do país em capacidade instalada. Cada uma delas é capaz de fabricar até 225 milhões de litros por ano. Em meados de 2010, a empresa anunciou uma série de investimentos que tinham como objetivo fortalecer sua participação no mercado interno brasileiro, incluindo os R$ 54 milhões que foram destinados à implementação de sua segunda unidade fabril dedicada ao biodiesel, em Ipameri (GO). A planta entrou em operação em setembro de 2010. Em novembro de 2011, a companhia costurou um acordo com as Secretarias da Fazendo dos Estados de Mato Grosso e de Goiás que permitia à empresa retirar soja de suas unidades mato-grossenses para esmagá-la em Goiás sem ter que recolher o ICMS que seria devido pela operação.